结核分枝杆菌全基因组测序

服务内容：

结核分枝杆菌基因组提取、质控、建库、全基因组测序以及耐药和遗传距离分析。
【新增】个性化分析：1.突变分析  2.比对信息及突变类型统计  3.遗传距离分析（SNP差异矩阵）  4.耐药分析（谱系及耐药突变分析、耐药突变及频率）  5.进化树及耐药表型的图形化显示。
测序+个性化分析，10个样以上起。

测序基本参数：

测序读长双端 150 bp（PE150）, 过滤后单样本高质量数据量（>Q30）平均 900 Mb 以上，原始数据平均 1000 Mb 以上。

服务优势：

1、 专业性：专注于结核分枝杆菌及相关菌株测序，已完成 1 万余例临床分离结核菌株测序工作，积累了丰富的结核分枝杆菌基因组提取和 NGS 建库、测序经验。
2、 耐药分析：与国内权威单位合作建立了强大的数据库和云端结核分枝杆菌全基因组序列分析平台，可结合NGS结果对测序菌株抗结核药物敏感性和耐药性进行全面预测分析，输出分析结果。针对4种一线药物异烟肼，利福平，乙胺丁醇，吡嗪酰胺提供耐药及敏感性预测，对10种二线药物提供耐药预测，适用于多耐药结核临床用药指导。
3、 菌株遗传距离分析：比较不同菌株间遗传距离，可用于鉴定结核病近期传播或暴发事件，为流行病学调查和结核病防控提供理论依据。

样本总体要求：

纯培养物（固体培养或液体培养）、灭活处理。

1、菌体量
（1）固体培养：用接种环从分离培养好的 L-J 固体培养基上刮下绿豆颗粒大小的菌体，然后将菌体置于1.5 mL无菌 EP 管或 2mL 无菌螺纹管（管中预先加入 500 uL 的 TE buffer）。
（2）液体培养：2 mL 浊度 1 麦氏的菌悬液。

2、灭活
寄送前，结核分枝杆菌需灭活。灭活流程：80℃ 水浴，30 min。

3、运输
2-8℃ 冷藏运输。

4、样品质控
（1）质控方法：Qubit® Fluorometer 荧光计和琼脂糖凝胶电泳。
（2）质控标准：