产品描述
基因组调研图研究是对于没有基因组参考序列的物种，基于小片段文库的低深度测序数据，快速获得基因组基本信息。进而为制定该物种的全基因组组装测序策略提供有效依据。
应用领域
•物种基因组大小评估；
•物种基因组GC含量评估；
•物种基因组杂合度评估；
•物种基因组初步组装。
产品优势
•利用K-mer分析快速评估出物种基因组基本信息；
•通过基因组的初步组装进行SSR标记开发。
技术路线
分析内容
标准信息分析
1.数据基本处理，去低质量和接头序列；
2.K-mer 分析以及基因组大小估计；
3.杂合率估计；
4.精细图建库方案评估；
高级信息分析（只针对纯调研图项目，不计入总时间）
初步组装；
重复序列预测；
初步基因预测和注释，NT、GO、KEGG比对；
GC-Depth 分布分析，判断 测序偏好性；
SSR标记鉴定。
样品要求
1.样品类型：基因组DNA；
2.样品浓度：≥100 ng/ul；
3.样品总量：≥30 ug；单次文库制备用量分别为10ug，为保证实验的顺利进行，因此需保证样品总量大于3次以上的建库用量（不包括样品检测损耗）；
4.样品纯度：OD260/280为1.8-2.0；
5.电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解。（距送样日最近的电泳结果）
1.凡纳滨对虾基因组调研图
本研究利用170bp，300bp，500bp的三个双端测序文库对凡纳滨对虾基因组进行的初步的分析和组装。去除低质量测序数据后，共得到90.69G高质量数据，大约为凡纳滨对虾基因组的37X。凡纳滨对虾基因组的GC含量为38.16%，K-mer分析的结果表明凡纳滨对虾基因组大小约为2.64Gb，与之前报道的利用流式细胞仪估计的2.45Gb基因组大小颇为接近，说明了结果的准确性。进而结合大片段文库的测序，对凡纳滨对虾基因组进行的初步的组装（结果如下表）。
凡纳滨对虾基因组测序与组装
2.野生甘薯的基因组调研图
本研究针对两个二倍体甘薯Mx23Hm和0431-1的基因组de novo测序，进行两个甘薯的基因组调研图的研究。同时对两个甘薯基因组分别进行组装，并且分析了全基因组范围内的SNP及CNV，以及基因的预测和注释。Mx23Hm和0431-1的GC含量分别为35.6%和36%，K-mer分析的结果表明Mx23Hm基因组大小约515.8 Mb，0431-1的基因组大小约539.9 Mb。
两个甘薯基因组杂合度的评估
拟南芥、甘薯、木薯中共有的基因GO注释
影响基因功能的SNP分布情况
CNV的分布情况
参考文献
1. Genome survey and high-density genetic map construction provide genomic and genetic resources for the Pacifc White Shrimp Litopenaeus vannamei（Scientific reports, 2015, IF=5.228）
2. Survey of genome sequences in a wild sweet potato, Ipomoea trifida (H. B. K.) G. Don（DNA research, 2015, IF=5.267）
