产品简介       

RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing）是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，作为一种关注CpG-rich区域的甲基化研究方法，它通过酶切消化后筛选一定的片段，再辅以Bisulfite sequencing，既能实现单碱基的分辨率，又能避免过多的数据浪费，更有针对性的研究覆盖区域的甲基化状态，使得大样本量单碱基分辨率的甲基化差异研究成为可能。RRBS作为一种高性价比的甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

  应用领域：

  •  大样本单碱基分辨率甲基化差异分析

  •  疾病分子标记开发

  技术路线：

内容分析      

     1.标准信息分析

  1）去接头污染，去低质量的reads和数据产量统计；

  2）RRBS序列与参考序列的比对；

  3）Promoter和CpG岛（CGI）覆盖度分析：

  a）Promoter和CGI覆盖个数统计；

  b）Promoter和CGI区域覆盖分析；

  c）C碱基有效测序深度的累积分布；

  d）CG位点的覆盖度。

  4）Promoter和CGI区的甲基化分析：

  a）甲基化C碱基中CG、CHG、CHH的分布比例；

  b）甲基化C和所有C的平均甲基化水平；

  c）Promoter和CGI区域甲基化图谱。

  5）差异性甲基化区域分析：

  a）差异甲基化（DMRs）分析；

  b）DMRs聚类分析；

  c）GO功能分析；

  d）KEGG通路分析。

  6）甲基化水平与功能元件长度关系。

  2.高级信息分析

  甲基化水平与转录水平关联分析：

  a）差异表达基因的Promoter区域的甲基化水平分布；

  b）甲基化修饰与表达调控关系。

  样品要求：

  1.样品类型：无降解且无RNA污染的DNA样品；

  2.样品需求量：≥5 μg；单次最低建库起始量可降至200 ng；

  3.样品浓度：≥50 ng/μl；

  4.适用物种：人和鼠；

  5.样品纯度：OD260/280=1.8~2.0。

案例分析 

RRBS+WGBS揭示人早期胚胎的DNA甲基化图谱

  本研究利用RRBS技术和WGBS技术，对微量细胞，甚至单个细胞DNA甲基化组进行高通量测序，解析了人类早期胚胎的DNA甲基化调控网络，这是世界上首个人类早期胚胎DNA甲基化图谱。

  人类早期胚胎DNA甲基化变化模式

  参考文献：

  1. The DNA methylation landscape of human early embryos (Nature, 2014, IF = Nature)