甲基化DNA 免疫共沉淀测序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,MeDIP测序)先用5'-甲基胞嘧啶抗体富集胞嘧啶甲基化的基因组片断,然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组,所需测序数据量较少,可广泛用于大样本量的疾病研究和分子育种研究。然而,该方法不能在单碱基分辨率水平上检测DNA胞嘧啶甲基化状态。
应用领域:
• 样本间DNA甲基化修饰差异分析
• 大样本量疾病研究
技术路线:
1.标准信息分析
1)测序完成后,去污染,去接头及去除低质量数据;
2)MeDIP-Seq序列与参考序列的比对;
3)MeDIP-Seq数据的全基因组分布趋势:
a)MeDIP-Seq测序reads在全基因组每条染色体上的分布;
b)MeDIP-Seq测序reads在全基因组上的覆盖深度;
c)MeDIP-Seq测序reads在不同CpG密度区域中的分布;
d)MeDIP-Seq测序reads在不同基因功能元件上的分布;
e)MeDIP-Seq测序reads在基因元件及其上下2000bp的平均覆盖深度分布趋势。
4)统计MeDIP-Seq数据富集区域(Peak)的信息:
a)Peak扫描;
b)Peak长度数量及比例分布统计;
c)单个样品Peak 的不同CpG密度分布统计;
d)寻找Peak相关基因;
e)统计Peak在不同基因功能元件上的分布。
5)基于Peak的多样品间差异性分析;
6)对两个样品间的差异基因进行GO功能富集分析及pathway功能分析。
2.高级信息分析
1)甲基化水平与转录水平关联分析;
2)CpG岛在TSS附近的分布。
样品要求:
1.样品类型:无降解,无污染的DNA样品;
2.样品需求量:≥5μg;
3.样品浓度:≥50 ng/μl;
4.样品纯度:OD260/280=1.8~2.0。
MeDIP和Bisulfite研究果蝇基因组的甲基化模式
本研究通过结合MeDIP和Bisulfite处理的方法进行测序,研究果蝇胚胎的甲基化模式。发现果蝇的甲基化模式是高度区域化和链特异的,基因本体的甲基化程度和较低的基因表达水平相关。
果蝇基因组范围的甲基化分布
参考文献:
1. Genome methylation in D. melanogaster is found at specific short motifs and is independent of DNMT2 activity (Genome Research, 2014, IF = 14.63)