产品描述
染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与新一代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
ChIP-Seq首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建，然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
应用领域：
• 判断DNA链的某一特定位置组蛋白修饰的类型
• 精确定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点
• 组蛋白共价修饰与基因表达的关系的研究
• 转录因子结合位点和功能研究
产品优势：
• 检测覆盖范围广：全基因组范围内扫描目标区域；
• 检测分辨率高：更利于精确定位目标区域；
• 样本需要量低：需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng；
• 可靠性好：避免了非特异性杂交，背景低；
• 性价比高：花费较少即可检测全基因组，获取准确丰富的信息。
技术路线：
1.基本信息分析
按照标准过滤原则对将raw data过滤成clean data；
raw data及clean data的数据量及Q20、Q30统计；
raw data及clean data测序质量分布图，GC/AT含量分布图，duplicate rate统计。
2.标准信息分析
比对到参考基因组并统计比对结果（需提供参考基因组信息）；
Peak calling得出Peak region report(CSC bedformat file)；
去除multiple identical序列；
确定转录结合位点和组蛋白标记；
Peak相关基因的GO注释分析；
多个样本间peak及相关基因的差异分析。
3.高级信息分析
根据客户的具体研究目的所开展的深入分析。
样品要求：
1. 样品类型：ChIP-DNA；
2. 样品浓度：≥10 ng/µl；
3. 样品总量：≥100 ng；单次实验用量为30ng时实验的可重复性较好，因此请尽可能提供较多的样品；若单次ChIP后DNA量不够，建议将2~3次ChIP的DNA合并在一起；
4. 样品纯度：OD260/280为1.8~2.2；
5.DNA片段大小：分布在100~500bp范围，且主要片段在～250bp（清晰的电泳图或2100检测结果）。
ChIP-seq研究干旱胁迫下水稻的组蛋白修饰
干旱胁迫是一种严重的、具有代表性的非生物胁迫，是农业生产的重要制约因素。植物一般通过调节上千种胁迫相关的基因来抵抗非生物胁迫。本研究对4叶期的水稻幼苗进行干旱处理，进行RNA-seq和ChIP-seq，分析组蛋白甲基化修饰对基因表达调控的作用。
干旱条件下差异基因和H3K4me3修饰相关性分析
参考文献：
1. Genome-wide profiling of histone H3K4-tri-methylation and gene expression in rice under drought stress (Plant Mol Biol, 2013, IF = 4.257)
