产品描述
微生物基因组的重测序，是基于小片段文库的高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息，以快捷为特点，系统多方面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。
应用领域
环境微生物研究；
海洋微生物研究；
土壤微生物研究；
工业微生物研究；
生物体微生物研究。
产品优势
采用主流PacBio+Illumina Hiseq测序平台；
丰富的项目经验：土壤微生物、动物肠道微生物、农业致病菌等。
技术路线
变异检测：准确定位变异位点;
基本进化分析：构建系统进化树，确定菌株间进化关系;
地域归属分析：研究菌株的地域传播规律;
分歧时间估计：讨论菌株支系之间的分化历史;
选择压力分析：菌株进化过程中的选择压力，揭示与环境相关的关键基因;
变异基因功能富集：统计变异基因分布规律，寻找变异丰富的功能分类。
样品要求
1.样品类型：基因组DNA；
2.样品需求量：小片段文库≥2 ug，2-3kb文库≥20 ug，5-6kb文库≥20 ug，10kb文库≥30 ug，20和40kb文库≥60 ug；
3.样品浓度：小片段文库≥30 ng/µl，大片段文库≥50 ng/µl；
4.样品纯度：OD260/280为1.8-2.0；
5.电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解。（距送样日最近的电泳结果）
裂解酵母基因型及表型的多样性研究
物种内部的自然变异揭示了基因组进化及功能。裂解酵母（Schizosaccharomyces prombe）是真核生物研究中的重要模式生物，但是对于这个菌株的进化历史，还没有系统的研究。本文汇集了100年内收集到的161株野生裂解酵母，通过重测序的手段，多角度深入挖掘了酵母的进化相关信息，特别是在地理分布、驯化起源、及表型关联方面获得了突破性的进展。研究推断裂解酵母的传播始于公元前340年，而这些菌株的祖先到达美洲的时间大约在公元1623年。本研究对74个性状进行研究，发现大量可遗传的表型多样性。对全基因组进行关联分析，在总计223个性状中，发现89个性状与具体的变异信息存在显着关联。这些显着的变异可以解释多大22%的表型变异，其中indels的效应要高于SNPs。
变异与表型性状的关联分析
