全长转录组测序-参数-价格-南京集思慧远生物科技有限公司手机站

产品描述

产品简介

全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台的转录组研究，无需片段打断，直接读取反转录的全长cDNA，能够有效获取高质量的单个RNA分子的全部序列。无需进行转录本的组装，即可准确辨别二代测序无法识别的完整的、准确的可变剪接、转录起始位点，能够有效的获取高质量的单个mRNA分子的序列信息。

产品优势：

无需组装，直接测序获得全长mRNA和lncRNA转录本；

可准确识别可变剪接形式，检测新基因和新的基因亚型；

无参考基因组情况下，解析物种特有基因或基因家族；

提高无参转录组研究的定量准确性。

测序实验流程图：

技术路线：

内容分析

分析内容：

测序Reads质量质控（QV）;

测序Reads聚类;

转录本全长评估;

基因结构优化;

新转录本的预测;

转录本功能注释;

基因融合分析;

可变剪接鉴定;

等位基因分析（基于同一样本的二代数据）;

非编码RNA及其靶基因预测;

SSR分析;

SNP分析（基于同一样本的二代数据）;

CDS预测;

样品要求：

1. 样品类型：总RNA；

2. 样品浓度：≥300 ng/ul；

3. 样品总量：≥1ug；

4. 样品纯度：OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0，260nm处有正常峰值；无基因组DNA污染；

5. RNA完整性：电泳检测28S/18S≥1.5。（据送样日最近的电泳结果）

案例分析

1、单分子全长测序揭示玉米转录组的复杂性

玉米（Zea mays）是全球重要的农作物，也是研究转录组代谢通路的重要遗传模型。本文用PacBio长读长测序技术，得到六个组织（根、花粉、胚芽、胚乳、幼雌穗、幼雄穗）共111151个转录本，覆盖玉米RefGen_v3基因组已注释基因的70%。57%的转录本是新发现的，有些是组织特异性的或者已知基因的Isoform。此外，还发现大量的新lncRNAs和融合基因转录本。DNA甲基化也产生各种Isoform。结果显示，玉米B73转录组的数据还远远没有完成，玉米基因组的表达也比以往预期的更复杂。