标记的 RNA、DNA 或者核酸类似物可以通过荧光原位杂交（FISH) 的方法检测细胞标本内的 RNA。目标 RNA 通常是由基因组 DNA 转录来的信使 RNA(mRNA)。由于髙特异的核酸碱基互补配对原则，特定的 RNA 分子可以从众多共表达的 mRNA 分子中筛选出来。对选择的 mRNA 分子进行分析是一项测定多种细胞性质的重要方法，包括鉴定细胞类型、鉴定细胞分化的不同阶段、测量通常伴随肿瘤发展的异常 mRNA 表达水平等。RNA 探针可以直接进行突光标记或者用偶联荧光化合物的标记物进行标记。一旦进行杂交，目标 RNA 的存在及其相对丰度可以通过目测荧光强度进行定性检测，也可以通过数码
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