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未加工的包膜蛋白pIII（含前导肽序列但不含展示肽的pIII蛋白）的分子量为44651 Da。不含前导肽序列的成熟pIII蛋白分子量为42579 Da。
然而，进行SDS-PAGE电泳时，pIII通常跑在分子量60-65 KDa附近，可能是因为该蛋白不同功能域之间含有特殊的甘氨酸富集的间隔区域。
前导肽的氨基酸序列是MKKLLFAIPLVVPFYSHS （注意起始甲硫氨酸Met是由密码子GTG编码的）。
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