分为六个阶段：
阶段1：反转录酶催化合成cDNA第一链
阶段2：cDNA第二链的合成
阶段3：cDNA的甲基化
阶段4：接头或衔接子的连接
阶段5：Sepharose CL-4B凝胶过滤法分离cDNA
阶段6：cDNA与λ噬菌体臂的连接

[阶段1：反转录酶催化合成cDNA第一链]
1.在置于冰上的无菌微量离心管内混合下列试剂进行cDNA第一链的合成：
poly(A) RNA (1μg/μl) 10μl
寡核苷酸引物(1μg/μl) 1μl
1mol/L Tris-HCl (pH8.0, 37℃) 2.5μl
1mol/L KCl 3.5μl
250 mmol/L MgCl2 2μl
dNTP溶液（含4种dNTP，每种5mmol/L） 10μl
0.1 mol/L DTT 2μl
RNase抑制剂（选用） 25单位
加H2O至 48μl
2.当所有反应组在0℃混合后，取出 2.5μl反应液转移到另一个0.5ml微量离心管内。在这个小规模反应管中加入0.1μl [α-32P] dCTP（400 Ci/mmol, 10mCi /ml）。
3.大规模和小规模反应管都在37℃温育1h。
4.温育接近结束时，在含有同位素的小规模反应管中加入 1μl 0.25mol/L EDTA，然后将反应管转移到冰上。大规模反应管则在70℃温育10 min，然后转移至冰上。
5.参考《分子克隆实验指南》第三版附录8所述方法，测定0.5μl小规模反应物中放射性总活度和可被三氯乙酸（TCA）沉淀的放射性活度。此外，用合适的DNA 分子质量参照物通过碱性琼脂糖凝胶电泳对小规模反应产物进行分析是值得的。
6.按下述方法计算cDNA第一链的合成量（推算方法略）：
[掺入的活度值(cpm)/总活度值]×66(μg)=合成的cDNA第一链(μg)
7.尽可能快地进行cDNA合成的下一步骤。

[阶段2：cDNA第二链的合成]

10 mCi/ml[α-32P] dCTP（400 Ci/mmol） 10μl
1 mol/L (NH4)2SO4 1.5μl
RNase H (1000 单位/ml) 1μl
大肠杆菌DNA聚合酶I (10 000单位/ml) 4.5μl
温和振荡将上述试剂混合，在微量离心机稍离心，以除去所有气泡。在16℃温育2~4h。
2.温育结束，将下列试剂加到反应混合物中：
β-NAD (50 mmol/L) 1μl
大肠杆菌DNA连接酶(1000~4000单位/ml) 1μl
室温温育15min。
3.温育结束，加入1μl含有4种 dNTP的混合物和2μl T4噬菌体DNA聚合酶。反应混合物室温温育15分钟。
4.取出3μl反应物，按步骤7和8描述的方法测定第二链 DNA的质量。
5.将5μl 0.5 mol/L EDTA (pH8.0)加入剩余的反应物中，用酚：氯仿和氯仿分别抽提混合物一次。在 0.3 mol/L(pH5.2)乙酸钠存在下，通过乙醇沉淀回收DNA，将DNA溶解在90μl TE(pH7.6)溶液中。
6.将下列试剂加到DNA溶液中：
10×T4多核苷酸激酶缓冲液 10μl
T4多核苷酸激酶（3000单位/ml） 1μl
室温温育15 分钟。
7.测定从上面步骤4取出的3μl反应物中放射性活度，并按分子克隆实验指南》第三版附录8所述方法测定1μl第二链合成产物中能被三氯乙酸沉淀的放射性活度。
8.用下面公式计算第二链反应中所合成的 cDNA量。要考虑到已掺入到DNA第一链种的dNTP的量。
[第二链反应中所掺入的活度值(cpm)/总活度值(cpm)]* (66μg -xμg)=cDNA第二链合成量/μg
x表示cDNA第一链量。CDNA第二链合成量通常为第一链量的70~80%
9. 用等量酚：氯仿对含有磷酸化cDNA（来自步骤6）的反应物进行抽提。