一、 总RNA的提取
1、 取组织10-50毫克，剪切成大小在0.5厘米以内的碎片，加入×5的RNA later（约2毫升）。样品在37度可保存1天。室温下1周，4度下1个月。
2、 匀浆：
用Rnase Erase
spray（ICN）清理匀浆器头部（7mm），用DEPC水和乙醇清洗，将上述样品用镊子转移到消毒过的（无菌）盛有500微升tripure的管中，开始匀浆。将匀浆液转移到Eppendorf
doff中，另用500微升的tripure清洗管并且一并转入到Eppendorf
doff中，然后用DEPC水和乙醇清洗清理匀浆器头部，防止样品交叉污染。
3、样品在室温下静置5分钟。
4、每管加200微升三氯甲烷（氯仿），轻轻混合均匀，室温下静置培养15分钟。
5、离心。4度，12 000g，15分钟。
6、离心后，可见到三层：上层没有颜色。中间层是白色。底层是红色。用1毫升的吸管小心将无色的上清液转移到另一个Eppendorf doff中，保留白色和红色用于DNA和蛋白分析。
7、每管加500微升异丙醇，轻轻混合均匀，室温下静置5-10分钟。
8、离心。4度，12 000g，10分钟。
9、用1毫升的吸管弃去上清液，用75%乙醇清洗沉淀物，小心搅拌，尽量使沉淀物能够漂浮在乙醇上面。
10、离心。4度，7 000g，5分钟。
11、用1毫升的吸管弃去上清液，在空气中干燥10分钟。
12、用甲酰胺（做Northern）或者DPEC水（做RT-PCR）清洗沉淀物，剂量依RNA沉淀物的多少而定（范围为50-500微升），样品在55-60度下加热10分钟。然后保存在-80度冰箱中备用。
二、RNA凝胶和浓度检测
检测RNA的质量：检测18s和28s核糖体RNA，样品含总的RNA-rRNA、tRNA、mRNA。
1、1.2%检测胶（check gel）（100毫升）
Agrose： 1.2g
10×MOPS 10ml
DEPC H2O 74ml
混合均匀，用微波炉加热溶解，然后稍微冷却。再加16 ml甲醛，混合均匀后，将溶液转入凝胶容器中，发生聚合作用，约20分钟。
当胶发生聚合作用后，加入1*MOPS将胶封住。
2、 Loading Buffer ：200ul（每个样品10 ul）
10×MPOS 20 ul
甲醛 32 ul
甲酰胺 100 ul
Dye 40 ul
DEPC H2O 8 ul
Dye ： 0.2% 溴苯酚蓝 50%甘油（丙三醇） 1m MEDTA
对于检测胶：加1-2 ul EB，以便于样品在UV光可以看清楚，可以看到两条带，18s：1，900bp和28s：4，900bp。
但是对于Northern胶，则不需要加EB。
3、RNA浓度检测，将样品保持在冰块中。
光谱光度测量：石英玻璃杯中，加样品4 ul，996 ul DEPC H2O，混合均匀后，读取OD值。
型号：光度计
在2个波长260nm和280nm下读取OD值。
比率（A260/A280）表示质量（一般在1.5），A260表示数量。
计算：在260nm波长下，1 OD=40ug/ml
0.229×40=9.16ug/ml
样品稀释度为1：250（4 ul：1 ml）
9.16×250=2290 ug/ml=2.29mg/ml
为了防止样品检测的相互污染，石英杯要用DEPC H2O清洗，并且用吸水纸吸干。
三、RNA电泳
1、样品准备
5 ug RNA +10 ul Loading Buffer
例如：RNA浓度为2.29mg/ml
所以5 ug/2.29=2.18 ul
即2.18 ul样品+10 ul Loading Buffer
65度，加热，15分钟，变性。
变性后将样品至于冰块中，
2、样品loading
在胶的下面放一块黑色的底片，可以看清楚背面。
在转移的过程中间不能有气泡。
电压：90-110V，30分钟。
RNA是负性变化的，所以它从负极（黑色）跑向正极（红色）。
3、跑胶：
1.2% Agrose 胶 300 ml
Agrose 3.6g
10×MOPS 30ml
DEPC H2O 222ml
混合均匀，用微波炉加热，加甲醛 48 ml，冷却后转入到凝胶容器中，发生聚合作用，约20分钟。
当胶发生聚合作用后，加入1*MOPS封胶。
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