1、由于样品制备技术的限制，对大多数生物样品来说，一般只能达到2nm的分辨率。
2、电镜图像的分辨能力不仅取决于电镜本身的分辨率，而且取决于样品结构的反差。
3、电镜所用的光源是电子波，波长在非可见光范围内无颜色反应，所形成的图像是黑白图像，要求图像必须具有一定的反差。
4、生物体组织和细胞成分主要有C\H\O\N等轻元素组成，它们的原子序数较低，电子散射能力弱，相互之间的差别又很小，电镜下的图像反差一般较低。
5、由于电子束的穿透能力较弱，样品必须制成超薄切片。
6、观察面小，载网直接能够为3mm,超薄切片范围为0.3-0.8mm.
7、电子束的强烈照射，易损伤样品，发生变形、升华等，甚至被击穿破裂，可能使观察结构产生假象。
8、观察时电镜镜筒必须保持真空，为了保证样品在真空下不损伤，对样品要求应无水分。因此，不能观察活体的生物样本。
9、生物制样复杂，在步骤繁多的制样过程中，样品容易产生收缩、膨胀、破碎以及内含物丢失丢失等结构改变。
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