血液标本
血液标本的细菌培养是诊断菌血症或败血病的基本方法。正常人的血液是无菌的、如从患者血液中检出细菌一般应视为病原菌(排除采集标本或其他操作过程污染)，提示有菌血症、败血症、心内膜炎、心包炎、血源性骨髓炎。常见的病原菌有金黄色或表皮葡萄球菌、链球菌(A、B群，肺炎链球菌等)、肠球菌、产单核细胞李斯特菌、脑膜炎奈瑟菌、伤寒及副伤寒沙门菌和厌氧菌等。
骨髓标本
正常人的骨髓是无菌的。若从患者骨髓中检出细菌(排除污染)，提示细菌性骨髓炎、菌血症、败血症。常见病原菌同上。
脑脊液标本
脑脊液的细菌学检查对于细菌性脑膜炎的诊断有重要的临床价植。正常人的脑脊液是无菌的，检出细菌提示有细菌性(急性化脓性、结核性等)脑膜炎。常见的病原菌有脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌、链球菌(
A、B 群和肺炎链球菌)、葡萄球菌、产单核细胞李斯特菌、结核分枝杆菌等。
痰标本
痰标本的细菌学检查对于呼吸道感染的诊断有重要意义。下呼吸道的痰液是无细菌的，而经口腔咳出的痰带有多种上呼吸道的正常寄生菌(如草绿色链球菌)。若从患者痰标本中查见致病菌或条件致病菌，提示有呼吸道细菌感染。常见的病原菌有肺炎链球菌、A群链球菌、金黄色葡萄球菌、卡他布兰汉菌、白喉捧状杆菌、结核分枝杆菌、脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌、肠杆菌、军团菌等。
咽拭子标本
咽拭子培养对于上呼吸道的细菌感染有一定的诊断意义。正常咽拭子有多种上呼吸道的正常菌群(如草绿色链球菌)。若从患者咽拭子标本中查出致病菌或条件致病菌提示上呼吸道有细菌感染(如急、慢性扁桃体炎，咽炎，喉炎等)。常见的病原菌有金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、化脓性链球菌、微球菌、棒状杆菌等。
泌尿、生殖道标本
尿液通常是无菌的或一过性有少量微生物，但是尿道内或尿道周围皮肤的菌群会污染尿液标本，从而可能导至错误的培养结果。中段尿培养加计数对于泌尿道感染的诊断有重要价值。细菌培养必须结合菌落计数辨别是否为病原菌。有致病菌或条件致病菌生长，菌落计数>105
/ml，提示感染（膀胱炎，肾盂肾炎、肾或膀胱结核等）。常见病原菌有大肠埃希菌、葡萄球菌、链球菌、变形杆菌和伤寒沙门菌等。尿标本包括清洁中段尿、导管尿、经耻骨上皮肤穿刺采集膀胱内尿液。正常的内生殖器是无菌的，而外生殖器（包括男性尿道口和女性阴道）有多种细菌寄生。常见的病原菌有葡萄球菌、肠球菌、链球菌、淋病奈瑟菌、大肠埃希菌、变形杆菌等。
粪便标本
正常情况下肠道中有多种细菌。引起感染性腹泻的病原菌有：沙门氏菌、霍乱弧菌、志贺氏菌及其他肠杆菌科条件致病菌。
穿刺液标本
各个部位穿刺液(胸水、腹水、心包液、关节液及鞘膜液等)的细菌学检查对于确定该部位是否有细菌感染具有诊断价值。正常穿刺液是无菌的，若从患者穿刺液中查见致病菌或条件致病菌提示该部位有细菌感染。胸腔感染的病原菌以结核分枝杆菌多见，其次是金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、大肠埃希菌和铜绿假单胞菌等。腹腔感染的病原菌以大肠埃希菌、粪肠球菌、结核分枝杆菌等多见。心包炎和关节腔液以金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌等多见。
脓液及创伤感染分泌物标本
脓液的细菌学检查对于确定感染的种类(结核性或非结核性等)、提供药物敏感结果、指导临床治疗有重要意义。化脓性感染可由单种或多种细菌引起。常见病原菌有金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌、肺炎链球菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、变形杆菌、结核分枝杆菌、诺卜菌、梭杆菌、拟杆菌等。
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