口腔中有弱碱性唾液、食物残渣等，为正常菌群的繁衍提供了合适条件。最常见的菌群是甲型链球菌和厌氧链球菌，其次是表皮葡萄球菌、奈瑟氏菌（Neisseria）、乳杆菌（Lactobacillus）、螺旋体（Spirochaeta）、假丝酵母（Candida）等。当拔牙时，甲型链球菌可通过伤口进入血流。
一般情况下，少量菌很快被肝、脾、淋巴结和骨髓中的吞噬细胞清除。但若心脏瓣摸有病损，或者是安装了人工瓣膜的人，细菌就会被阻留在那里并繁殖起来，导致内心膜炎。厌氧链球菌中有一种变异链球菌（Streptococcus mutans），与龋齿的形成关系密切。该菌能分解食物中的蔗糖产生高分子量、粘度大的不溶性葡聚糖，以致将口腔中其它菌群粘附于牙齿表面而形成菌斑。其中的乳杆菌能发酵多糖类产生大量酸，使酸碱度下降至4.5左右，使牙釉质和牙质脱钙而造成龋齿。
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