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确认软件设置是否正确
对照试剂盒说明书，检查时间、温度、循环数、荧光采集等是否设置正确。有一个比较容易忽略的设置问题是，需要看下所选用的试剂中是否含有ROX来作为参比荧光染料。
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确定耗材及配件是否使用正确
耗材对于荧光定量PCR来说比较重要，很多异常的扩增曲线是由于耗材使用不当引起的。耗材的检验可以参照老师都没教过的PCR实验室辅料质检，常见的耗材相关问题包括：
1）错误使用成普通PCR仪器所对应的耗材
普通PCR耗材一般透光度比较差，会造成荧光扩增曲线异常，比如打折的扩增曲线（图三）。
图三：错误使用普通PCR耗材的结果
2）未选择跟仪器加热模块规格匹配的耗材
荧光定量PCR 仪加热模块分0.2ml跟0.1ml两种，如果0.1ml加热模块用成0.2ml耗材，则会造成耗材压扁，甚至造成机器故障；如果0.2ml加热模块用成0.1ml耗材，则会造成反应管的外壁和荧光定量PCR仪器的温控模块没有充分接触，从而出现热传导不充分，进而影响酶的活性，会引起重复性不好（图四），或者溶解曲线多峰（非特异扩增），甚至是假阴性结果；
3）使用了质量比较差的耗材
目前市面上荧光定量PCR耗材种类繁多，质量也是良莠不齐，在耗材选择上尽量选择质量、品牌好一点的，否则会引起一系列问题，造成不必要的浪费。
比如质量不好的耗材可能会引起荧光值不稳定，这会造成反应孔的自动基线扣除错误，得到不准确的CT值（图五上图），更换质量好的耗材后，荧光信号正常（图五下图）；
图五：质量不好的耗材引起荧光值不稳定图
如果使用的PCR反应板封膜质量不好，在PCR过程中受到水蒸气的影响，容易产生变形（图六），这样会引起“optical warping”，即“光学扭曲”现象（图七 上图），该实验中由于使用了ROX作为参比染料，ROX有效的校正了这种荧光信号的变化，均一化的扩增图结果是正常的（图七 下图）。
图六：PCR过程中水蒸气使得封膜变形
图七：光学扭曲结果图及ROX均一化结果图
除了耗材外，跟仪器配套使用的配件也要检查是否使用正确，比如配套的8联管托架，在使用的时候只用托架的下半部分，如果忘记把上半部分取下，有可能会影响扩增（图八）。
图八：未将托架上半部分取下，造成有些靶标未扩增
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确定所用试剂是否正常
如果设置都正确，耗材及配件也都没问题，但是扩增曲线还是异常，这时候要确定下所用试剂是否正常。
首先要确定试剂是否有效，包括查看试剂是否在有效期内，是否反复冻融多次，运输条件是否正常。可以通过比较试剂的批次号，结合实验中的阳性对照结果，确定试剂的有效性。其次要观察扩增完的试剂体积，如果在扩增过程中有试剂的蒸发，可能会引起扩增曲线抬升现象，如果实验体系中加入了ROX作为参比荧光，ROX荧光可以区分扩增曲线抬升是真扩增，还是蒸发。
比如反应体系存在蒸发，水分丢失，ROX浓度会增加，ROX参比荧光上抬（图九上图），而正常孔中ROX荧光会一直不变（图九下图），所以在加完试剂上机前，一定要检查耗材是否已经密封，防止试剂蒸发，试剂蒸发严重的还可能导至整个实验室的气溶胶污染。
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