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氨基酸测序分为N端测序和C端测序,原理是用氨肽酶(N端测序法)或羧肽酶(C端测序法)将肽链从一端依次切下,并在一段时间内检测切下的氨基酸的种类(时间过长则会出现多种氨基酸),并且重复该过程。必需氨基酸有9种:甲硫氨酸、缬氨酸、赖氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、亮氨酸、色氨酸、苏氨酸(可以用“甲借来一本两色书”来帮助记忆,虽然“缬氨酸”的“缬”正确读音是“鞋”而不是“杰”)。