方法太多了，
等电点法。
紫外分光分析。
还有色谱分析。
等电点法和色谱分析都是提供一个分离的环境，需要已知氨基酸作对照。
关于紫外吸收，使用得并不广泛，特地查书，看到以下描述:
有机化合物在紫外区中有些没有吸收谱带，有的仅有较简单而宽阔的吸收光带；
另一方面，如果物质组成的变化不影响生色团及助色团，就不会显著得影响其吸收光谱，例如甲苯和乙苯的紫外吸收光谱实际上是相同的。
因此物质的紫外吸收光谱基本上是其分子中生色团及助色团的特性而不是它的整个分子的特性。所以物质的紫外光谱不能完全决定物质的结构，还必须与红外吸收光谱、核磁共振波谱、质谱以及其它化学的和物理化学的方法共同配合起来，才能得出可靠的结论。
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