1、安全性的差异。固相萃取过程中会用到各种各样的化学试剂、容积等，其中难免会有一定的危险性，所以全自动固相萃取仪在安全性方面还是更好一些。
2、数据误差的差异性。人无完人，人工操作时不可避免的会出现一些小失误、小疏忽，这些都会大大影响最终的实验数据。而机器虽然冰冷，但是它会按照设定好的程序来运行，不会出现小失误的情况。
3、实验效率的差异性。毫无疑问，全自动设备的效率肯定远远高过人工。此外，一定程度下，设备可以24小时运行，样品处理能力大大提升。
4、成本的差异性。全自动固相萃取仪的成本主要是设备本身的成本，人工的主要成本也就是人工。另外试剂的消耗方面，人工会略高于设备，可以忽略不计。
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