①灵敏度高、进样量少。通常只需要微克级甚至更少的样品量便可得到一张很好的可供结构分析用的质谱图，其所用的样品量比红外光谱及核磁共振要低几个数量级。
②分析速度快。几秒甚至不到1s的时间就可完成一次分析。
③可以测定微小的质量和质量差。质谱仪测定质量范围的下限为一个原子质量单位即大约10-27kg的气体质量，高分辨质谱仪能区分相差几十万分之一的两种质量。
④能直接探讨物质的性质。在质谱技术中，因为电离过程是在原子或分子的电子层发生的，通过对电离过程的探讨，可以阐明物质的特性。
⑤分析范围广。改变质谱仪的电、磁参数，可以在短时间内分析多种成分，做到一机多用。
⑥技术综合性强。质谱仪是一种大型、复杂而且精确的仪器，它涉及精密机械加工技术、真空科学技术、电子技术以及物理、化学和数学等各方面的知识。因此，质谱仪器制造复杂，造价昂贵，而且仪器的操作、维护要求有熟练的人员，这些是质谱仪的不足之处。但随着生产水平的提高，真空技术的发展及电子计算机的广泛应用，质谱仪器的这些缺点正逐渐被克服。
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