1.探针分为好多种，你要先决定你用何种，是RNA探针还是DNA探针，杂交时，RNA－RNA结合的稳定性要比DNA－RNA好，所以RNA探针具有结合牢固、背景低等优点；DNA探针背景稍微深一些，不过也可以，标记方法比前者简单一些，另外还有寡核苷酸探针，此类探针分子量小，通透性好，但就是标记的敏感性不高。
2.原位杂交相比免疫组化，定位相对准确，但如果蛋白在间质中发挥作用，原位杂交就检测不出来了，结合图像分析，原位杂交也可以对目的基因的转录半定量。
3.首先是标本对照，这个包括阳性对照和阴性对照；第二个是探针对照，主要是明确探针的特异性；第三个是探针正义连阴性对照，第四个未标记探针竞争抑制；第五个不含探针的阴性对照；第六个质粒对照，第七个无关探针对照。
4.若要定量，该试验不可行，还是作Northern，若要显示形态、定位，最好结合免疫组化。
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