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一般的引物设计可以使用primer5进行设计,将你的目标序列拷贝到软件里,然后根据你的需要搜索出最佳评分的引物。如果是需要表达的基因片段,可能会需要顶头设计,即从两端抄写20bp左右的序列,然后可以根据情况延长或缩减,尽量避免引物二聚体、发卡结构、错误引发之类的。并不是所有的引物设计之前都需要进行blast比对,blast主要目的是与数据库里面的数据进行比对,以确定序列是哪种基因的序列,或者序列的对错。