水污染指示生物是指在一定的水体范围内，能通过其特性、数量、种类或群落等变化，对水体中的污染物产生各种定性、定量指示作用的生物。水污染指示生物主要有浮游生物、着生生物、底栖生物、鱼类和微生物等。
（1）浮游生物 浮游生物就是悬浮生长在水体中的生物，包括浮游植物和浮游动物两类。它们大多数个体很小，游动能力弱或完全没有游动能力。浮游生物是水生食物链的基础，在水生生态系统中占有重要地位，而且其中多种对环境的变化反应敏感，可用来作为水污染的指示生物。
①浮游植物。浮游植物主要指藻类，藻类对外界环境的反应很敏感。在水体的生态系统中，藻类与水环境共同组成了一个复杂的动态平衡体系，污染物进入水体后，引起藻类的种类和数量的变化，并达到新的平衡所以不同污染状况的水质，有不同种类和数量的藻类出现，反过来说，不同种类和数量的藻类可以指示不同的水质状况。
选作指示种的藻类，最好是那些敏感的、生活周期长的、比较固定生活于某处、易于保存和鉴定的种类。有研究表明，绿藻和蓝藻数量多，甲藻、黄藻和金藻数量少，往往是水体污染的表征；而绿藻和蓝藻数量下降，甲藻、黄藻和金藻数量增加，则反映水质的好转。又如，硅藻结构特殊，容易保存和鉴定，能在实验室单细胞培养和自然条件下研究，是较好的有机污染及毒物的指示种。国外通过大量的研究，以硅藻作为指示生物，建立了硅藻群落对数正态分布曲线。未受污染时，水体中的硅藻种群数量多，个体数目相对较少；但如果水体受到污染，则敏感种类减少，污染种类个体数量大增，形成优势种。此外，硅藻还可作为放射性的指示生物。
②浮游动物。浮游动物种类很多，大多数对水体环境的变化反应较敏感，可以利用水体中浮游动物群落优势种的变化来判断水体的污染程度和自净程度。受污染的水体从上游排污口至下游清洁水体，浮游动物的优势种分布为耐污种类逐渐减少，广布型种类逐渐出现较多，在下游许多正常水体出现的种类也逐渐出现；同时，原生动物由上游的鞭毛虫至中游出现纤毛虫，在下游则发现很多一般分布在清洁型水体的种类，这说明水体从上游到下游水体的污染程度不断减轻，水体具有一定的自净功能。
（2）着生生物 着生生物就是附着在长期浸没水中的各种基质（植物、动物、石头等）表面上的有机体群落，包括细菌、真菌、原生动物和海藻等多种生物类别。由于其可用来指示水体受污染的程度，评价效果较佳，因此近年来，有关着生生物的研究也开始受到重视。
（3）底栖动物 底栖动物是栖息于水体底部（淤泥内、石头或砾石表面和缝隙中）以及附着于水生植物之间的肉眼可见的水生无脊椎动物。它们广布于江、河、湖泊、水库和海洋等各种水体中，大多数体长超过2mm，包括大型甲壳类、水生昆虫、环节动物、软体动物和节肢动物等许多类别。
由于在水环境中，鱼类和浮游生物的移动性较大，有时往往难以准确地表明特定地点水的性质，而底栖动物的移动能力差，能较好地反映该地的环境状况。近年来，应用底栖动物对水体进行监测和评价，已经受到广泛重视。
当水体受到污染时，底栖动物的群落结构将发生变化，有些较为敏感的种类有可能逐渐死亡，甚至消失，根据底栖动物的存在种类及种个体数来判断水体的污染及污染的程度。对河流来说，可以利用不同河段有无底栖动物存在、底栖动物的种类（耐污染种和清水种等）及种个体数来探讨河流的稀释自净规律。
在未受污染的环境里，河流和湖泊中大型无脊椎动物群落的组成和密度（每单位面积的个数）各年之间比较稳定。已经证明，严重有机污染的水体通常溶解氧（DO）是很低的，会限制底栖大型无脊椎动物的种类，导致水中只有最能耐受这种污染的种类，因此其密度有了相应的增加；另一方面，有毒化学物质的污染有可能使受影响区域内的大型无脊椎动物荡然无存。例如，在东京都狛江市的田沟内以前曾是清澈的泉水，栖息有放逸短沟蜷和鲫鱼。但是随着住宅的建设，生活污水增加，水质污染而泉水流量又减少，出现了大量的尖膀胱螺。以后泉水没有了，污染越来越严重，水质浑浊不清，孑孓大量滋生，最后膀胱螺也消失，沟内臭气严重。
因为多数底栖动物种类的个体数有明显的季节性变化，所以必须注意调查的季节，以及水域底部的地形、底质和水文特征等。
（4）鱼类 在水生食物链中，鱼类位于最高的营养级水平，因水体受污染而改变浮游生物或其他水生生物生态平衡，也必然改变鱼类的种群结构。同时，由于鱼类的特定生理特点，使某些不能明显影响低等生物的污染物也可能造成鱼类受到伤害。因此，鱼类作为水污染的指示生物具备其特定的意义，对全面反映水体污染程度以及评价水质具有重要的作用。
上海市曾投放胭脂鱼到苏州河，作为指示生物监测水环境。胭脂鱼是上海土著鱼，其对于水体环境相当敏感，如果水中的重金属、某些有毒有机物含量超过一定指标，或者水体含氧量过少，胭脂鱼体内的生物指标会发生相关变化甚至会死亡。所以，如果把它放生到苏州河里，并定时体检，可以使它成为一种天然水质监测器，实时监测苏州河的水体质量。
（5）微生物水体中的微生物与水体受污染程度密切相关，有机质含量少，微生物的数量也少，但是当水体受到污染后，微生物的数量可能大量增加或减少。尤其是某些特定微生物的出现或消失能够指示水体受到某类物质的污染，使利用微生物进行水质监测迅速发展起来。
首页
