MC具有水溶性和耐热性，加热煮沸都不能将毒素破坏；自来水处理工艺的混凝沉淀、过滤、加氯、氧化、活性炭吸附等也不能将其完全去除。MC易溶于水，甲醇或丙酮，不挥发，抗pH变化。
化学性质相当稳定，自然降解过程十分缓慢。MC在去离子水中可保持稳定状态长达27d，在灭菌的河水中可保持稳定12d，而在普通河水中7d以内即会降解，降解速度在原产地河水中最大，在不同产地的河水中次之，在腐殖化的水中最小（Rapala et al.，1994）。此外，纯化的MCs在阳光照射下依然保持其稳定性，但暴露于紫外线时即可被水解或发生化学异构和化学键合反应而失活，其半衰期为10d。当紫外线波长接近其吸收峰周围（即238~254nm）时，MCs可被迅速降解此外由于MC分子结构含有羧基、氨基和酰氨基，所以在不同pH值下，MC有不同的离子化倾向。
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