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水体产毒藻种主要为蓝藻，如微囊藻、鱼腥藻和束丝藻等。微囊藻可产生肝毒素，导致腹泻、呕吐、肝肾等器官的损坏，并有促瘤致癌作用。鱼腥藻和束丝藻可产生神经毒素，损害神经系统，引起惊厥、口舌麻木、呼吸困难甚至呼吸衰竭。
目前，淡水藻类产生的毒素可分为多肽毒素、生物碱毒素和其他毒素三类。微囊藻毒素是环状的七氨酸结构，其中含有五种不变的氨基酸，微囊藻毒素是一种极性分子，其中微囊藻毒素-LR是最常见的一种。
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