(1)细菌的基本结构。各种细菌都具有基本结构，包括细胞壁、细胞膜、细胞质和核质四部分。细胞壁是位于细菌的最外层的一层质地坚韧而略有弹性的膜状结构，其化学成分复杂，并随着不同细菌而异。细胞膜是由磷脂和多种蛋白质组成的单位膜，其主要功能是物质转运、生物合成、分泌和呼吸等作用，是细菌渗透屏障和赖以生存的重要结构。细胞质是细胞膜所包裹的溶胶状物质，基本成分是水、蛋白质、核酸和脂类，是细菌合成代谢和分解代谢的场所。细菌的核质具有细胞核的功能，决定细菌的生命活动，控制细菌的生长、繁殖、遗传、变异等多种遗传性状。细菌的基本结构对于细菌的鉴定及致病性、免疫性都有重要作用，特别是细菌质粒已广泛应用于分子生物学的实验中。
(2)细菌的特殊结构。某些细菌除了具有基本结构外，还有荚膜、鞭毛、菌毛、芽孢等特殊结构。
①荚膜。某些细菌在生长过程中在细胞壁外形成一层界限较为明显，质地均匀的黏液性物质，其厚度大于0.2μm，称为荚膜。荚膜充当分子筛和黏附素的作用，并具有抗原性及抗吞噬的功能。
②菌毛。菌毛是许多革兰阴性菌及少数革兰阳性菌菌体表面附着的一种细短而直感的蛋白性丝状物，在电子显微镜下才能看到。菌毛可分为普通菌毛和性菌毛，前者与细菌的致病性有关，后者可在细菌之间传递遗传物质，如使细菌获得产毒或耐药性等新的遗传性状。
③鞭毛。鞭毛由蛋白质构成，是细菌的运动结构。弧菌、螺菌、占半数的杆菌及少数球菌由其细胞膜伸出菌体外细长呈波状弯曲的蛋白性丝状物，使细菌可在适宜的环境中自由运动，具有抗原性，与致病性有关。
④芽孢。芽孢是某些革兰氏阳性细菌在不利于生长的环境中形成的有抗性的休眠体，增强细菌抵抗外界不良环境的能力。能否杀灭芽孢是临床判断灭菌效果的一项指征。
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