转基因作物因为是人工制造的品种，我们可以把这些品种，看作为自然界原来不存在的外来种。一般说来，外来物种对环境或生物多样性，造成威胁或危险会有一段较长的时间。有时需10年的时间，或更长的时间。转基因作物商品化种植至今最长也就是5～6年的时间，一些潜在风险在这么短的时间内，不一定能表现出来。可是有些风险在实验室水平上已经证实。如Mikkelsen等证实抗除草剂转基因油菜的抗除草剂基因可以通过基因流在一次杂交、一次回交的过程已转到其野生近缘种中（Mikkelsen et al., 1996）。
对于农田生态系统（Agro-ecosystem），同样存在各种风险，例如：
导致杀虫剂用量增加（抗性的选择和转运到可相容的其它植物中）
产生新的农田杂草（基因流和杂交）
转基因植物自身变为杂草（插入性状的竞争）
产生新的病毒（不同病毒基因组和转基因作物的病毒外壳蛋白的重组）
产生新的作物害虫
对非目标生物的伤害（食草动物的误食）
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