已知与人微管蛋白结合的所有药物都与β-微管蛋白结合。这些包括紫杉醇，秋水仙碱和长春花生物碱，它们各自在β-微管蛋白上具有不同的结合位点。
III类β微管蛋白是微管元件中只表示神经元，并且是特定于神经组织神经元流行标识符。它比其他同种型的β-微管蛋白更慢地结合秋水仙碱。
β1-微管蛋白，有时称为VI类β-微管蛋白，在氨基酸序列水平上最不同。它仅在人类的巨核细胞和血小板中表达，并且似乎在血小板的形成中起重要作用。当VI类β-微管蛋白在哺乳动物细胞中表达时，它们会导致微管网络的破坏，微管碎片的形成，并最终导致巨核细胞和血小板中存在边缘带状结构。
Katanin是一种蛋白质复合物，可在β-微管蛋白亚基上切断微管，是神经元和高等植物中快速微管运输所必需的。
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