根据推测的功能、分泌细胞或作用靶点，细胞因子已被分类为淋巴因子、白细胞介素和趋化因子。因为细胞因子的特点是相当多的冗余和多效性，所以这种区别，允许例外，已经过时了。
白细胞介素一词最初被研究人员用于那些假定目标主要是白细胞（白细胞）的细胞因子。它现在主要用于指定较新的细胞因子分子，并且与它们的假定功能几乎没有关系。其中绝大多数是由T辅助细胞产生的。
淋巴因子：由淋巴细胞产生
单核因子：仅由单核细胞产生
干扰素：参与抗病毒反应
集落刺激因子：支持细胞在半固体培养基中的生长
趋化因子：介导细胞之间的化学吸引（趋化性）。
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