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β-淀粉酶主要存在于高等植物中，特别是谷物中，如大麦、小麦等，在甘薯、大豆中也有存在，在动物体内不存在。目前工业上使用的β-淀粉酶主要包括植物β-淀粉酶和微生物β-淀粉酶。
由于植物来源的β-淀粉酶生产成本较高，人们也开始重视微生物来源的β-淀粉酶，从20世纪60年代开始，已先后发现了来源于巨大芽孢杆菌、多黏芽孢杆菌及蜡状芽孢杆菌的β-淀粉酶，但它们的耐热性低于植物β-淀粉酶 。
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