1、与LC／MS／MS相比，MALDI-TOF的识别结果不可靠，特别是当一个点中含有多个蛋白时。对于一个点的水解蛋白液来说，其中含有大量的多肽，并且经常含有修饰基团。一般来说，一个蛋白能水解出20～50种肽。用MALDI-TOF质谱测量多肽混合物时，待测组分不能完全离子化，对于一个蛋白得不到足够的肽信息，无法搜索肽数据库进行蛋白的识别。而LC-MS-MS联用能够检测到相当高的肽段数量和氨基酸序列，这样进行蛋白质识别就有了较高的可信度。
2、MALDI-TOF也不能进行翻译后修饰蛋白质的分析。具有离子阱的LC-MS-MS技术能够通过解析修饰导致的肽谱质量漂移提供修饰信息，并且能够提供修饰类型和修饰位点的结构信息。
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