保持无菌是成功进行组织培养的必要条件，细菌和真菌污染是培养过程中最常见到的，这些微生物在自然环境中无所不在，一旦接触到培养基，获得最适宜的生长条件，它们的生长速度就比培养的组织快得多。
细菌污染的主要症状是培养材料附近出现黏液状和发酵泡沫状物体，或在材料附近的培养基中出现混浊和雾状痕迹，一般接种后12d即可发现；真菌性污染主要由霉菌引起，一般接种后35d可发现。
为控制植物组织培养中的污染，所有的培养器皿、培养基、用于组织培养操作的各种仪器及离体的植株必须经过消毒灭菌，同时还要保持操作环境的空气、物体表面和地面无尘。
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