上述的方法都是检测MRSA耐药表型的方法。MRSA根据其耐药频率可分为1、2、3、4类，其耐药频率为10－7、10－4、10－3以及10－1[12]。上述常规的检测方法对于3、4类MRSA一般不存在问题，但对于低频率的1、2类则很容易造成漏检。因此，对于低水平耐药或临界水平耐药的MRSA，应选择特异性高的分子生物学方法来检测。DNA探针杂交是用特异性的mec A DNA片段经地高辛标记，与可疑菌株进行杂交，有学者报告[13]，DNA探针仅与MRSA DNA杂交，与MSSA DNA无杂交带，其特异性高于琼脂稀释法，敏感性高于肉汤稀释法，而且可直接用于临床标本，无需先进行细菌分离培养，但探针较贵，保存期较短。
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