自20世纪60年代中期以来，衣原体感染患者例数不断增加，据世界卫生组织估计，全世界每年新发生可以治愈的性病病例2.5亿例，其中衣原体感染6 700万例，另据WHO西太区办公室资料，1993-1996年性病低危人群中衣原体感染率为5. 6％（菲律宾）和2.5％（越南），而在高危人群（妓女、暗娼）中，感染率可达17.3％（菲律宾）。在英格兰和威尔士，1960-1986年上报的NGU病例已从2.2万上升到11万例。
在美国，衣原体感染的发病率已从1987年的91.4/10万上升到1991年的197.5/10万。在我国，NGU的发病率也呈逐年上升趋势，根据26个性病监测点资料，1993年NGU的报道例数为1 404例，发病率为4/10万，占性病的第三位；1998年NGU的报道例数为121 564例，发病率为9.74/10万，5年间发病率翻了一番，但仍居性病的第三位；2000年NGU的报道例数为241 016例，发病率为19.33/10万，两年间NGU的发病率接近翻了一番，所居性病位置越过尖锐湿疣居第二位。女性患者多于男性患者。据美国1987^-1991年对35个州的统计，衣原体感染病例中女性与男性之比为5. 9：3. 3。1991年女性人群发病率为281.2/10万，而男性为47.7/10万。
其产生原因可能是对无症状女性进行了有效筛查而感染女性的男性性伴侣则未得到诊断、治疗和报道。在我国，从报道的病例数看似乎男性多于女性。此外，衣原体感染还和多性伴、既往的淋球菌感染史有关。应该指出，由于检查方法和疫情报告制度所限，NGU的发病率还不可能十分准确，如能提供简便的诊断方法，估计发病人数还可能增多，而更靠近实际发病人数。
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