首先，质谱本身的扫描速度当然是由硬件决定的，但是对于一台特定的质谱系统，谱图扫描越快，就意味着分辨率越低（谱图采集时间更短—>采集的数据点变少—>分辨率降低）。但是在一定的时间内，采集谱图数量就多一些，如液质联用仪，在液相梯度时间内，采集的Cycle数目就增加了，所以从这个角度上来说，能够挖掘信息就更多，可能灵敏度其实会增加一些。总的来说，对于一台特定质谱，扫描速度越快，代价就是需要牺牲分辨率。
从质谱类型上来说，现在主流质谱，三重四级杆扫描速度很快，但分辨率基本都不太能见人；TOF扫描速度也比较快，分辨率还算比较高，但相对于离子阱Trap还是不行，属于折中的吧；因为离子阱质谱分辨率是非常高，但是扫描速度又不行，就算Thermol公司的Orbitrap轨道阱，分辨率是非常高，但是扫描速度却是无论如何不能与TOF比的。
总之，扫描速度与分辨率，极端点说，就像鱼和熊掌，难以兼得，这个时候一些组合使用才是比较好的选择，如QTOF，Q-Orbitrap等等。
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