1. 肉眼观察病变
早期的病变处呈黄白色胶冻样外观。脑肉芽肿表面可呈结节状，部分可呈囊状，透明、黄白色、质坚硬。切面可见纤维交错，呈灰白色、黄白色，其间可见半透明小囊腔。
2. 镜下观察病变
较新的病变主要由大量繁殖的隐球菌及其引起的炎性细胞浸润构成。浸润的炎细胞为单核细胞、淋巴细胞及浆细胞。损害显示胶样液化，囊腔内有多量隐球菌。较陈旧的病变则表现为肉芽肿形成，主要由单核细胞、上皮样细胞及多核巨细胞等构成。在受累的大脑、小脑、中脑、延髓、蛛网膜下腔等处，均可有大小不等的肉芽肿形成。可见星状细胞增生肥大的改变。
3. 病理切片中的新生隐球菌及其变种
一般新生隐球菌呈圆形或椭圆形，直径2～20 mm，多数聚集成堆，少数分散在组织内。HE染色标本，胞壁外常有3～5 mm的空隙（系菌体胶样荚膜未着色之故），部分膜亦可染成淡红色。PAS染色，菌体荚膜均呈红色。在较新鲜的病灶内，菌体大小不等，小的居多，易见到单芽生的无性繁殖方式。在较陈旧的病灶内，菌体较大，很少见芽生状态，却可见一侧胞壁塌陷呈碗形或盔形的退变菌体。
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