1965年，我国台湾地区小学生进行沙眼的疫苗检测时，从沙眼患者的结膜中分离出一种新的衣原体，分离出的头两株分别命名为TW-183和AR-39，最初认为它是沙眼衣原体简称CT的一个株，并将此株统称为TWAR。进一步对衣原体的原体超微结构及DNA分析研究后，发现TWAR既不同于CT，又不同于鹦鹉热衣原体，简称Cpn。那时，肺炎衣原体中只有TWAR这一株被确定，于是，1989年，正式命名TWAR株为肺炎衣原体( Chlamydia pneumoniae，Cpn)，归属于衣原体属内的第三个种。
根据遗传性和生物学特性， 肺炎衣原体可分为 TWAR、 考拉和马 3 个生物变种。 代表株为 TW-183T（ ATCC VR 2282T）。 TWAR 是由第一次分离到的 2 株 TW-183 和 AR-39的名字合并而成。 TWAR 生物变种仅是从人分离到，同时也只有 1 个血清变种。 TWAR 对呼吸系统有致病性，最突出的是引起急性或慢性支气管炎和肺炎。 此外， 还与急性或慢性呼吸道疾病如中耳炎、 肺阻塞性疾病以及动脉粥样硬化、哮喘、 结节性红斑、 反应性呼吸道疾病、 Reiter 氏综合征、 肉样瘤病等有关。 参考株是 TW-183T。 肺炎嗜性衣原体考拉生物变种其 MOMP 属于 1 型， 与 TWAR 蛋白同源性为 97.8%， 与马生物变种 MOMP 同源性为94.5%，而与其他衣原体的 MOMP 同源性低于 70%。 参考株为 LPCon。 目 前， 肺炎嗜性衣原体马生物变种只有一个分离株 N16，是 1990 年 Wills 等从马呼吸系统分离到的。其MOMP 与肺炎嗜性衣原体其他株的差异性为 5.5%； 而与衣原体其他种的差异性则>30%。用 N16 分离株接种马可引起无症状感染， 参考株为 N16。
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