大小为0.5-0.7μmx2-3μm，无荚膜，无鞭毛，不形成芽胞，某些菌株有菌毛。在选择培养基上形成较小的半透明无色菌落。本属菌生化反应能力较其他肠道杆菌为弱。分解葡萄糖一般不产气。不分解尿素，不形成硫化氢，不能利用枸橼酸盐作为碳源。多数志贺菌不分解乳糖，但宋内志贺菌能迟缓发酵乳糖。
本属菌有O抗原和K抗原，无H抗原。O抗原是分类的依据，K抗原可阻止O抗原与相应O抗体发生凝集，加热后可消除此种阻抑作用。根据志贺菌O抗原构造的不同，可分为四群、39个血清型。我国以福氏痢疾杆菌多见，其次是宋内痢疾杆菌。
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