志贺菌属主要有菌体抗原（O抗原）而无鞭毛抗原（H抗原），个别菌型及新分离菌株有K抗原。O抗原是分类的依据，分群特异抗原和型特异抗原，借此将志贺菌属分为4群（种）40余血清型（包括亚型）。K抗原在分类上无意义，但可阻止O抗原与O抗体的结合。从生物化学特性看，除A群外，B、C、D群志贺菌均能发酵甘露醇；除D群外，A、B、C群志贺菌均无鸟氨酸脱羧酶。
A群：即痢疾志贺菌。有10个血清型，其中8型尚可分3个亚型。是惟一不能发酵甘露醇的一群志贺菌。
B群：即福氏志贺菌。有13个血清型（包括变型和亚型），各型间有交叉反应。
C群：即鲍氏志贺菌。有18个血清型。
D群：即宋内志贺菌。抗原单一，只有一个血清型。是惟一具有鸟氨酸脱羧酶的一群志贺菌，宋内志贺菌有I相和II相两个交叉变异相。I相呈S型菌落，对小鼠有致病力，多自急性期感染病人标本中分离得。II相为R型菌落，对小鼠不致病，常从慢性患者或带菌者检出。
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