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iPS细胞与胚胎干细胞拥有相似的再生能力，理论上可以分化为成体的所有器官、组织。而相比胚胎干细胞，iPS细胞面临的伦理道德争议较小，且应用该技术可以产生基因型与移植受体完全相同的干细胞，规避了排异反应的风险，因而iPS细胞在一定程度上冲击了胚胎干细胞在再生医学中的地位，被认为在再生医学及组织工程方面拥有较为广阔的应用前景，有望为治愈糖尿病、关节炎等疾病提供新的思路。同时，iPS细胞在新药开发、疾病模型构建领域也有望得到应用。但iPS诱导技术同样面临着诱导效率低、用于治疗可能存在长期风险等挑战。
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