氨肽酶种类繁多，将氨肽酶按照不同特性进行分类对人们认识和了解氨肽酶有着很大的帮助。关于氨肽酶的分类方式有许多种，如按底物特异性、按在细胞中所处的位置、按催化特性、按最适 pH 等进行分类，下面介绍主要的三种分类方式 ：
(1) 根据氨肽酶底物特异性的不同将氨肽酶分为两大类：一类是具有严格的底物特异性的氨肽酶，它们只能特异性的水解某一种或一类氨基酸，例如，脯氨酸氨肽酶 PepX只能特异性水解 N 末端第二个氨基酸为 Pro 的肽段，而氨肽酶 A 只能特异性的水解N 末端第一个氨基酸是酸性氨基酸（天冬氨酸或者谷氨酸）的肽段；另一类氨肽酶具有较广泛的底物谱，能水解大部分氨基酸，这一类氨肽酶一般会按照它们的最适反应底物进行命名，例如，亮氨酸氨肽酶对于 N 末端是亮氨酸的底物水解能力最高，同时它还能水解其它脂肪族疏水性氨基酸和碱性氨基酸，而赖氨酸氨肽酶除了能有效地水解 N 末端为赖氨酸和精氨酸的肽段外还能水解其它一些脂肪族疏水性氨基酸。
(2) 根据氨肽酶催化方式的不同可将氨肽酶分为三类：金属（metallo）、半胱氨酸（cysteine）、丝氨酸（serine）氨肽酶。大部分报道的氨肽酶都是金属氨肽酶，约占总数的 70%左右。常见的金属离子有 Zn2+、Co2+、Mn2+等，一般金属氨肽酶的活性中心含有 1-2 个金属离子，在催化过程或者稳定蛋白质结构方面起着重要的作用。与金属氨肽酶相反，半胱氨酸和丝氨酸氨肽酶催化过程中不需要金属离子的辅助，其活性中心分别含有关键基团 Cys 和 Ser，催化肽链断裂时起亲核攻击的作用，这两类氨肽酶较为少见，各自所占比例不到 20%。
(3) 根据氨肽酶最适反应 pH 的不同可将氨肽酶分为三类：酸性（Acidic）、中性（Neutral）和碱性（Alkaline）氨肽酶。一般我们把最适 pH 为 2.0-6.0 的叫作酸性氨肽酶，pH为 6-8 的称为中性氨肽酶，pH 为 8.5 以上的称为碱性氨肽酶。细菌来源的氨肽酶绝大部分属于碱性氨肽酶。氨肽酶的最适反应 pH 一般为 6-9，只有少数氨肽酶不在该范围内。
(4)根据氨肽酶在细胞中的定位不同，有些氨肽酶存在于细胞质中，有些氨肽酶存在于某些革兰氏阳性菌的细胞壁上，还有小部分的氨肽酶可以与膜结合 。
氨肽酶根据不同的标准有不同的分类，且这些分类相互交错，相互联系，使得酶的分类更加的系统和完善。
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