这一步反应是整个分子生物学过程的核心，但其化学本质很简单，重点是其生物体内催化的过程。在以往的观点里，核糖体rRNA的具体序列或许对于肽键形成至关重要，因为在核糖体的反应核心并没有蛋白质的参与，提示着rRNA对于肽键的合成起到主要的催化作用。而经过后续研究，当前普遍认为rRNA对于核心反应的催化并非具体序列依赖的化学催化，而更像是整体序列共同作用导致的物理结构催化。即rRNA通过整体序列（和蛋白互作）形成特定的结构，确保核糖体A位点和P位点的；两个tRNA受体臂上的氨基酸能够近距离正确接触，催化反应的发生。
而tRNA自身的结构，甚至是氨基酸本身其他结构都在这个反应里起到了一定程度的重要催化作用，来确保这个反应的发生。
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