内含子（introns）在转录后的加工中, 从最初的转录产物除去的内部的核苷酸序列。术语内含子也指编码相应RNA内含子的DNA中的区域。
大多数真核结构基因中的间插序列（intervening sequence）或不编码序列。它们可以转录,但在基因转录后,由这些间插序列转录的部分（也可用内含子这个术语表示）经加工被从初级转录本中准确除去,才产生有功能的RNA。基因的编码部分称外显子。内含子常比外显子长,且占基因的更大比例。真核基因所含内含子的数目、位置和长度不尽相同,如鸡卵清蛋白基因的外显子被7个内含子隔开,鸡卵伴清蛋白基因有17个内含子,α-珠蛋白基因有2个内含子,卵粘蛋白基因有6个内含子等。内含子（Intervening region）是一个基因中非编码DNA片断,它分开相邻的外显子。更精确的定义是：内含子是阻断基因线性表达的序列。DNA上的内含子会被转录到前体RNA中,但RNA上的内含子会在RNA离开细胞核进行转译前被剪除。在成熟mRNA被保留下来的基因部分被称为外显子。真核生物的基因含有外显子和内含子,是前者区别原核生物的特征之一。
内含子转录的mRNA与其它的成分是一样的,均由4种核糖核苷酸组成,只不过被识别后剪切掉了。内含子也不是不变的,在合成某种蛋白质或多肽时为内含子,在控制合成另一种蛋白质或多肽时可能为外显子。内含子在选择性剪接扮演重要角色,一个基因可以因此而产生多种不同的蛋白质。归根到底,是在剪接过程中同一段DNA,有时被看作外显子,有时则是内含子。
有一种特殊的内含子,被称作自剪接内含子（核酶）,它可以通过自身作用被切除,来离开mRNA。
内含子和外显子的比例因种而异。河鲀鱼的内含子比较少。
但内含子与垃圾DNA不同,垃圾DNA亦即那些基因以外的序列,还未被发现有任何功能的DNA,但可能是参与基因调控和选择性剪接的调控。但若内含子对应的mRNA片断若没有被除去,可能会发生非常大的突变。如一种植物,科学家抑制了剪切酶的活性而保留了其mRNA中一段内含子。结果,该植物的雌蕊发育不正常。而雄蕊却出现了雌蕊的特征。
“马赛克基因”,就是说编码的DNA片断（外显子）被非编码区域（内含子）隔开,该概念是1977年由Hogness,Mandel和Chambon提出。
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