健康人的胃肠道内寄居着种类繁多的微生物,这些微生物称为肠道菌群。在人类胃肠道内的细菌可构成一个巨大而复杂的生态系统,一个人结肠内就有400个以上的菌种。 [3]
从口腔进入胃的细菌绝大多数被胃酸杀灭,剩下的主要是革兰氏阳性需氧菌。胃内细菌浓度<10 3 CFU/ML（CFU即colony forming unit菌落形成单位）。
小肠菌群的构成介于胃和结肠之间。近端小肠的菌丛与胃内相近,但常能分离出大肠杆菌和厌氧菌。在远段回肠,厌氧之间。
近端小肠的菌丛与胃内相近,但常能分离出大肠杆菌和厌氧菌。
远段回肠,厌氧菌的数量开始超过需氧菌,其中大肠杆菌恒定存在,厌氧菌如类杆菌属、双歧杆菌属、梭状芽胞杆菌属,都有相当数量。
在回盲瓣的远侧,细菌浓度急剧上升,结肠细菌浓度高达10.11 ～10.12 CFU/ml,细菌总量几乎占粪便干重的1/3。其中厌氧菌达需氧菌的10.3 ～10.4 倍。主要菌种为粪杆菌属、双岐杆菌属和真杆菌属。
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