1998年Maxygen公司的Stemmer等人提出了一种新的分子育种方法——全基因组重排技术,这种技术是分子定向进化在全基因组水平上的延伸,它将重组的对象从单个基因扩展到整个基因组-,因此可以在更为广泛的范围内对菌种的目的性状进行优化组合。
基因组重排技术主要在传统诱变的基础上与原生质体融合相结合进行随机重组,这将通过多次重组将多个亲本的优良性状集中到同一株品种,而不需要了解整个基因组的序列数据和信息。基因组重排技术虽然起源于原生质体融合,但是与原生质体融合相比,基因组重排技术允许经诱变技术处理产生的多个正突变菌种之间进行重组,并且通过几轮递归基因组融合,导致最终改进的菌株涉及来自多个正突变菌株的遗传性状,极大增加了“复杂后代”的遗传多样性,并显著提高获得高性能菌株的机会。