肠球菌是一种移生在肠道的革兰氏阳性球菌，故名肠球菌。在十九世纪末发现，早期归为链球菌属。1900年代初期，发现肠球菌是引起泌尿道感染及心内膜炎的原因之一。1930年代中期，依Lancefield血清分型，肠球菌被归类为D族链球菌，但是与非肠球菌的D族链球菌，如牛链球菌， 在生化特性上有相当的差异性。直到1984年，经由核酸的研究，进一步证实肠球菌和链球菌的不同，而将肠球菌自行独立成为一属。肠球菌属有18个种（species）， 其中以粪肠球菌最为常见，约占分离菌株的85%至90%，其次为屎肠球菌， 约占10%至15%。其他较为罕见的有鸡肠球菌、铅黄肠球菌以及坚韧肠球菌等。屎肠球菌经常对于氨苄青霉素及万古霉素具有抗药性，是所有肠球菌中最难治疗的。
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