在诊断本病时，首先做常规医疗评估排除是否是躯体疾病引起的焦虑症状(如心脏病，甲状腺功能亢进)，通常惊恐障碍的患者已经先在内科医生处就诊过，基本排除了器质性疾病的可能，表1简列了惊恐发作和心脏病发作的鉴别。
惊恐发作可能出现在其他恐惧症中，如社交恐惧症(当向一群人讲话时)或特定的恐惧症中(如看到蜘蛛时)，在这些恐惧障碍中惊恐发作可以预测，仅发生在特定的刺激或情境中，这种情况下就不能做出惊恐障碍的诊断，只有不可预测的惊恐发作才可作出惊恐障碍的诊断。
在抑郁障碍病程中也可出现反复的惊恐发作，并担心再次发作，在一些患者中，抑郁可以继发于惊恐障碍(即惊恐障碍的体验使患者变得抑郁)，须记住惊恐发作是相对短暂的，形容自己“整天惊恐”的患者是在临床表现非常焦虑的心情而不是惊恐发作。
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