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种系发生(希腊语 φυλογένεση，φύλο，现代希腊语：fílo - 种系，性别和γεννήση，现代希腊语：jénnissi - 新生，诞生）。也被称作系统发生。是指在地球历史发展过程中生物种系的发生和发展。
这个概念不单止用于动物种系的发生发展，还会用在系统学各个层面的分类单元上面。它也会被用到某一特征的在生物发育过程中的进化这一方面。
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