GC法分离效率高，样品用量少，选择性好，可分离分析顺反异构体、旋光异构体等，常用于在实验温度下可气化且性质稳定的物质的分析，对于那些热不稳定或难以气化的物质，可通过化学衍生化方法使其达到GC分析的要求。
多塞平的Z-和E-异构体具有不同的沸点，可选择GC法对二者进行分离，但因填充柱对多塞平存在吸附作用，使得色谱峰峰形较差，故研究者常选择使用毛细管色谱柱采用程序升温法，将HP-1毛细管柱温自起始温度90℃以30℃/min－1的速度升至200℃，然后以10℃/min－1的速度升至280℃，使马子宫和血浆中的多塞平及其代谢物的异构体在短短六分钟内得到分离。
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