肺炎时，由于气体交换面积减少，和病原体的作用，可发生不同程度的缺氧和感染中毒症状，如低体温，反应差，昏迷，抽搐以及呼吸、循环衰竭。可由毒素、炎症细胞因子、缺氧及代谢紊乱、免疫功能失调引起。缺氧的发生可由于下列因素引起：小气道因炎症、水肿而增厚，管腔变小甚至堵塞。如小支气管完全堵塞，则可引起肺不张。病原菌侵入肺泡后损伤肺泡，促发炎症介质与抗炎因子的产生，加重组织破坏，使促纤维因子增加，使肺纤维化。炎症使PS（磷脂酰丝氨酸）生成减少、灭活增加，可致微型肺不张，使肺泡通气下降。肺透明膜形成、肺泡壁炎症、细胞浸润及水肿，致肺泡膜增厚，引起换气性呼吸功能不全。当细胞缺氧时，组织对氧的摄取和利用不全，加上新生儿胎儿血红蛋白高，2，3-DPG（2，3-二磷酸甘油酸）低，易造成组织缺氧，以及酸碱平衡失调，胞浆内酶系统受到损害，不能维持正常功能，可引起多脏器炎性反应及功能障碍，导致多器官功能衰竭。
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