1.结膜炎
受染母亲所生新生儿，30%～50%会发生结膜炎，10%～20%会发生肺炎。多在生后5～14天发病，胎膜早破患儿可更早出现结膜炎。常单侧发病，多有自限性，先有卡他性结膜炎症状，后出现黏液脓性分泌物，眼睑及结合膜肿胀、充血，眼睑结合膜滤泡形成在新生儿较少见，但有时可有假膜形成，造成片状瘢痕。一般不侵犯角膜，如不治疗，一般充血逐渐减轻、分泌物逐渐减少，持续数周而愈；偶转为慢性，病程超过1年。失明罕见。
2.肺炎
衣原体肺炎患儿可先患衣原体结膜炎（50%），亦可不发生衣原体结膜炎，由定时定植于鼻咽部的衣原体下行感染而发生衣原体肺炎。临床可有上呼吸道感染的表现，鼻充血，常无明显分泌物，大于50%患儿骨膜外观可异常；一般不发热或仅低热，精神尚可，无明显感染中毒表现；呼吸增快，明显阵发性不连贯的咳嗽，体重不增；部分患儿有呼吸暂停，喘鸣多不明显。一般病情不重，少数患儿需要用氧，但重症早产儿有时需用呼吸机。
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